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邓浩楠启用钱谦益，用东林党来弹压满朝文武百官，成绩斐然，很快就稳定了朝局。
控制了中央朝廷之后，邓浩楠开始整顿京畿军务。
京畿军务基本上直隶总督府已经做了部署，唯独就是杨嗣昌手中的十万禁军问题。
对待杨嗣昌，邓浩楠以前不敢动手，现在他当上了监国摄政王后，收拾杨嗣昌已经是名正言顺了。
杨嗣昌被调任兵部侍郎，实际上是明升暗降，夺了他的兵权。
对此，杨嗣昌哑巴吃黄连有苦说不出。除非他立刻造反，否则就只能乖乖的就范。
显然，邓浩楠没有给他留下任何的造反借口，因此杨嗣昌没借口也没胆子造反。
十万禁军开赴通州大营就地整编，邓浩楠调五万军队接管京城防务，从而彻底掌控中央，挟天子以令诸侯。
地方官员哪个心中不明白邓浩楠在干什么？但问题是邓浩楠做的实在太高明了，没有任何把柄留下。更因为免除全国赋税三年而获得了极高的民望，万众归心，这个时候谁站出来说邓浩楠的坏话，肯定会被老百姓的唾沫星子淹死的。
利用舆论，收买人心，这招邓浩楠使得绝，无人能出其右。
中央朝廷是最大的国家机器，内阁六部邓浩楠放手给钱谦益了。所谓用人不疑疑人不用，邓浩楠掌控着军队，不怕钱谦益玩猫腻。
由于邓浩楠推行休养生息政策，钱谦益身为内阁首辅大臣，自然要想办法给邓浩楠省钱。
邓浩楠改编全国军队，行精兵之路，预计大明帝国保持五十万常备军，主力为邓浩楠的嫡系部队，缺口从全国各地选拔精壮士兵补充。
军队一直是拖累明朝发展的关键因素，邓浩楠裁减一百三十万现役军户人口，并废除军户、匠户制度，准许他们脱籍为农民或者商人。军户都有土地，邓浩楠允许军户复员成农民后继续耕种生活。这样一来，军户变成农民，不但补充了民间劳动力。同时，休养生息的政策令军队将兵复员后有了生活出路，不至于占山为王祸害民间。
钱谦益看到了邓浩楠的裁军目的，所谓精兵简政，邓浩楠精兵，那他就要简政了。
为此，钱谦益裁汰中央官员冗员，将一些尸位素餐的官员罢免。由于采取休养生息政策，可以预见民间将会出现太平繁荣的景象。百姓将会拥护政府，因此钱谦益不怕裁汰冗员会被某些官员使坏报复。
吏部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（文选、验封、稽勋、考功），每司各有郎中一人，员外郎一人，主事一人等官。吏部职权特重，为六部之首。户部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司（浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南），各司有郎中、员外郎、主事等官。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。礼部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（仪制、祀祭、主客、精膳），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖铸印局等。兵部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（武选、职方、车驾、武库），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖会文馆等机构。刑部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司（分司同户部）。各司有郎中、员外郎、主事等官。工部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（营缮、虞衡、都水、屯田），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖宝源局、军器局等机构。
旧都南京也设六部，称南六部，另有一套职官，但又不全置，其职权远不如北京六部，一般是安置地位崇高之退闲大臣之所。
邓浩楠允许南直隶的存在，但不放心那些退休、贬庶的官员，因此南直隶兵部和守备全部由邓浩楠的嫡系人马掌控，枪杆子邓浩楠永远不会放松，否则就会出问题。
钱谦益改革六部，邓浩楠也没闲着，强化了督察院、大理寺职能。
原本都察院有左右御史、左右副都御使、左右佥都御使等官。又设十三道监察御史（一百一十人），遍布全国。
但邓浩楠的治下多了辽东府、朝鲜都护府、台湾府、琉球都护府，甚至前段时间又多了夏威夷都护府。
这些地方实行的是检察院、警察厅、法院，以及立法、刑法、司法等现代化制度，需要跟中央完成融合。