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伤痕累累的初号机，下身浸泡在橙红色的 LCL 溶液中。
机库内的各种工作人员，正操作各种器械忙碌着修复及检测工作。
“怎么样，还找不到驾驶员吗？”
因为之前初号机跟黑渚薰玩命的整个过程，使用的插入栓是检测型专用的，内部是各种自动化检测仪器而不是魂之座，不用于对战。作战时也没有检测多到插入栓内部存在活物。
这就说明了，没有驾驶员的初号机竟然能自主作战。这就十分惊悚了，实在让指挥中心的知情者惊出一身冷汗。后来要不是真嗣答复指挥中心的呼唤，表明初号机是他操控的，军方甚至都做了最坏的打算，准备核弹洗地。
“根据意识波图谱的示踪反应，驾驶员的位置应该在核心附近。”
看着屏幕上大量跳动的彩色线条，一位穿着白大褂的研究人员道。
“我记得，EVA 没有这种操控方式？”
一位穿着军服的老头皱着眉头，对技术负责人伊吹玛雅询问道。
“这个……”
玛雅刚接手律子的工作不久，也是仓促上马。要不是她亲眼看见真嗣破腹而出，在 LCL 池子中融入初号机的整个过程，也觉得匪夷所思。
“具体情况还在进一步研究中。虽然我们积累了多年的经验，但直到现在，研究中心还未完全破解 EVA 的所有奥秘。不过，可以确定的是，没有灵魂的 EVA 是无法脱离人的掌控的，这也是所有控制系统设计的基础。”
玛雅斟酌道。
就算是傀儡系统（DUMMY PLUG ），也是利用克隆体的欺骗手法，实现自主作战。
老头子对玛雅的解释不太满意，脸色一沉道：“这种充满破坏力的可怕存在，如果连制造者都无法完全掌控的话，实在可笑。”
玛雅扶了扶眼镜，“EVA 的制造技术来自于之前的上级机关（SEELE ）对死海文书的破解资料。根据记载，上古的第一智慧种族，利用生命之树制造了十七位使徒，但因为使徒脱离掌控，第一智慧种族被灭族。后来的第二智慧种族，为了遏制使徒，参考使徒制造了 EVA 和朗基努斯之枪，最后成功封印了使徒。所以我们只是技术的继承者，而不是原创者，这些神话般的超级武器，本来就是超乎常理的存在……”
嘀嘀嘀——
说到这里，警报忽然响了起来。
“什么情况？”
玛雅看向技术监测人员。
那个一脸油腻的中年男人脸色苍白，声音颤抖道：“是初号机，初号机出现了神经链路波动！”
话音刚落，初号机就开始浑身抽搐，LCL 的池子开始波浪翻滚，拍打着池壁。随着一阵抖动，一具白花花的肉体从初号机口中咳了出来，扑通一声落入 LCL 中。
“是个活人！”
现场一阵手忙脚乱……
翌日。
长吸一口气，真嗣像条被电的咸鱼弹了起来。
“嘭！”
脑袋却狠狠撞上了什么东西。
睁开眼睛，他这才发现自己身处一个密闭的舱室内部，上面的盖子只留下一个透明小窗口，活像个大棺材。
“喂！有没有人啊？！”
真嗣用力拍打着舱壁，一边大声呼喊：“快来人，放我出去！”
告警声响起后，很快盖子就被打开。不由分说，真嗣被几个精壮的男护士抬到活动床上，迅速铐住手脚，迅速推走，来到另一个布满仪器的房间。
一群身穿白大褂的家伙围了上来，眼镜反射着冰冷的光芒。
“等等，你们是谁？要干什么？”
不等真嗣抗议，各种仪器探头密密麻麻贴了他一身。
“意识已经恢复，心肺机能正常，未出现四肢麻痹。”
这时候，真嗣终于听到一个熟悉的女声，一张嫩脸凑了上来：“认识我吗？”
是戴着眼镜的伊吹玛雅，同样穿着白大褂，混在一群大叔之间，还残留着学生气的她有些格格不入。
见到熟人，真嗣心头一松。
“当然啦，伊吹桑。”
“记忆跟自我意识也没问题。”
玛雅低声说着，身边的医师不断记录着什么。
真嗣活动了下被电子锁限制住的手脚，“这是怎么回事？没必要用这种……对待罪犯的方式锁住我吧？”
“非常抱歉！实在对不起！”
玛雅十分愧疚道：“因为你的身体情况发生了不得了的变化，我们担心出现意外，所以……”
“什么变化？我的身体怎么了？”
真嗣大为紧张。
“你自己看看吧。”
玛雅递上一面镜子。
“什么鬼东西……”
真嗣的眼睛瞪溜圆。
镜子里出现的，是一个白发红瞳的少年，皮肤苍白得像得了白化病。
“怎么回事？怎么会这样？”
真嗣又是捏脸又是揉头发，十分难以置信。没错，镜子里面那个疑似白化病患者，正是他。
“根据检查结果，你的身体实际上已经具备部分素体的特征，要不是反馈图样仍然显示为人类，大家甚至以为你是……那种存在。”
难怪了！真嗣这才想起自己之前那个不可思议的经历。
自己明明已经被力天使活吞了，后来力天使被暴走的绫波打爆后，真嗣并没有直接死亡。他的意识，或者说灵魂寄存在一小块碎“肉”里面，美里机缘巧合之下接触到了这块东西，真嗣才得以融入美里的身体中，寄生在它腹内，最后竟然奇迹般实现了“重生”！
整个过程实在太硬核了，充满了钦定感，自己果然是天命之子，命不该绝啊！真嗣感叹不已。
“对了，美里小姐呢？”
“她没什么大碍，在疗养恢复中，大概一周就能痊愈了。”
玛雅可是亲眼见见到真嗣这个怪物，破腹而出的整个过程，实在太过吓人。美里的肚子跟橡皮泥一样软，活活钻出一个幼儿，她没被真嗣折腾死已经算捡回一条命。当然，玛雅是站在美里这一边的，关于美里怀上真嗣的事情，她没有透露任何敏感信息。知情者冬月也是个老好人，更不会横生枝节。
所以直到现在，美里的肚子突然瘪了，被操作为流产事件，胎儿也不幸夭折。毕竟让一个孕妇承受这么大的工作压力，在战场前线指挥作战，出现意外十分正常。
而在外界看来，由于克隆体的存在，“真嗣”之前一直处于养伤恢复中。这次竟然又临危受命，力挽狂澜，击退了强大的敌人。期间甚至用力过猛，差点引发第三次冲击，着实把各国高层吓得够呛。
两天后，获得自由活动许可的真嗣，在地下空间的湖边散步。
尽管外边的情况仍是一片水深火热，处于风暴核心的 NERV JPN 却难得一片平静。
富士山——岛国的象征被打爆了，对国民感情的伤害非同小可。作战期间又引发了地震和岩浆爆发，大量无辜平民死伤在所难免，救灾活动仍在持续。
使徒的恐怖破坏力深深刻印在人们心中，而能与使徒正面作战的 EVA ，更是同一层次的超级武器。能操控这种恐怖兵器的驾驶员，更是披上了神秘强大的色彩。
由于工作规章制度，EVA 驾驶员是被严密监控的特殊作战人员，比宇航员还精贵，一般人更是严禁与驾驶员接触。
NERV 被大清洗后，出现许多新面孔，战自的势力终于如愿以偿染指了这里。以老碇为首的势力被连根拔除，冬月也被抓了，估计晚节不保，牢底要坐穿。留下的老手不多，大量新手刚被调来不久，就遇到了这场毁天灭地的大战。
那些行色匆匆的工作人员，见到形象大变的真嗣，眼神或厌恶，或好奇，或惊惧，负面情绪居多。在他们看来，初号机是导致大量国民伤亡的间接凶手。真嗣愧疚之余也颇为无奈，他能力有限，面对那么强的对手，能毫发无伤活下来已经算侥幸，实在无法顾及太多，不然他早就不知道被打死多少次了。
真嗣推测，要不是有外部使徒的压力，玛雅跟美里这些“邪恶旧势力残留”也肯定是要被扫地出门的。也许因为 EVA 相关专业人员的紧缺，许多绝密资料被她们把持着，缺乏人员交接也是她们两个留下的原因。