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一道道能量组成的烟柱从六号机身上逸散出来，连接到灵魂之扉的中心，进行某种能量的交互，整个机体发出刺目的强光。
大地开始震动，强度越来越大，这是黑之月即将破土而出的征兆。
这时候，旧东京圈的市民刚收到了政府发布的紧急灾害警报，富士山火山爆发了。天空中轰隆隆作响，一朵由火山灰组成的黑色蘑菇云，在风力和空气对流的作用下不断扩散，在地平线上升起，引发了大面积恐慌，民众开始奔涌到超时、便利店抢购食品跟饮水。
接着，天空突然变得一片血红。不是黄昏的那种夕阳红，而是空气都浸透了血液一般，是一种令人心悸不已的异常现象，就像用红色塑料纸遮住了眼睛。无数居民走出建筑物，开始到处张望，不知所措。
以至于，地空中高速划过的三道导弹的白色尾迹，都没多少人注意。
人类掌握的最强武器——核武器终于出动了，N2爆弹虽然绿色无污染，终究还是因为威力不足。人类面临生死存亡之际，已经不是顾忌核污染的时候了。
在卫星和微波的引导下，三发 100 万吨当量的三相弹（一种威力加强版氢弹）迅速抵达灵魂之扉上空，此处的空间环境已经发生了不可预知等变化，电磁波被吸收或屏蔽，导弹只能依靠惯性制导和地形图像识别继续朝着落点前进。
三道流光从天而降！
在 45 千米外的第三东京市观测，只见天边升起了一个刺目无比的太阳，一瞬间腾空而起的火球直径达 4 千米。激波向外传播，其负相位部分使空气的密度迅速降低，形成两道水蒸气就会凝结的白色圆环……冲击波在爆心投影点附近地面的反射和负相的抽吸作用使得地面掀起巨大尘柱，和烟云相衔接，形成高达18公里以上的蘑菇状烟云……
氢弹爆炸产生的电磁波航横扫一切精密电子设备，包括太空的卫星也收到不小的干扰。部署在外围的探测器，传感器纷纷电路纷纷击穿报废，中央作战司令室的大屏幕一黑，弹出了无数告警窗口。要不是处于低下深处，还要报废更多的电子设备。
通信的恢复需要时间，至少在一刻钟内，NERV JPN 成了瞎子聋子。
然而核打击之后，灵魂之扉并未关闭，发动第三次冲击的仪式并未被打断，众人的心头逐渐蒙上一层绝望的阴影。
此时，在伊豆半岛中心的战场，原来的山谷已经化为一片焦土，形成一个宽度超过一千米，深达五十米的大坑。5 psi 的超压冲击波让方圆 6.7 公里的树木倒伏，更加接近爆心的则化为焦炭燃烧起来。空间中的辐射强度超过 6 Sv，排除高温真空的极端负面影响，也足以让人毙命。
噗！
一架发着白光的机体从琉璃化的土石里冒出，六号机被强大的冲击波摁进地里。果然，这种当量的核武器还是不起作用。毕竟一个成熟台风每20分钟释放的能量，相当于引爆一颗 1000 万吨当量的核弹，每小时释放的能量等于 2600 多颗广岛原子弹爆炸的威力，虽然威力大大分散了。
此时的六号机也不是完好无损，机体表面的装甲在 X 射线和热辐射的作用下，几乎熔化了大半，表皮也有着大面积烧焦。它手中的朗基努斯之枪和卡西乌斯之枪却完好无损，不愧是弑神之物，已经恢复到了不辨彼此的双绞枪状态。
然而灵魂之扉并未关闭，从灵魂之扉中心贯注而下的无形能量气柱，好像有了生命一般扭曲抽动。
六号机体表的伤势，以肉眼可见的速度恢复着……它开始尝试再次升空！
忽然，六号机的动作一滞。
低头一看，一只冒着青烟的手臂死死扯住了它的右腿。
“嗯？！”
是初号机！
浑身破烂不堪的初号机，以极为敏捷的速度，四肢如蟒蛇一般迅速盘上了六号机，两手死死抓住双枪，死死缠在六号机身上，然后对着六号机的脖子就拼命啃了起来。
噗哧！
动脉涌出的鲜血如高压水枪喷水一般，落在高温的琉璃质地面上，发出哧哧的声音，蒸发出大量血雾。
嘭！
两台机体之间炸开了一圈圆盘状的气流，空气被撕裂开。初号机一个膝撞将六号机击飞，重新夺取了双枪。
噗哧！
一个巨大而狰狞的头颅掉落在地，初号机竟然将六号机的脖子啃断并彻底撕裂。
无头的六号机竟然没有失去行动能力，重新升空后，灵魂之扉在数秒内关闭了，方圆数千里的夜空终于恢复正常。看来，掌握双枪竟然是发动第三次冲击的关键。
六号机也没想到自己重伤之下会被初号机偷袭，无头的机体没有坠下，对着初号机沉默了一阵，很快化为一个黑点显示在夜空中。
亚当的分身不像一般使徒和 EVA，有着核心存在。这家伙没有弱点，掉了脑袋也没事。
确定六号机消失后，初号机才跪坐在地，用双枪支着身体，进入准拘束状态。
地下空间，大屏幕上终于出现一个沉重的脚步声。
在漫天高温烟尘中，初号机朦胧的身影从一个山头后冒出。
轰隆!
一个巨大的头颅砸了下来，屏幕给了个特写。
初号机浑身烧焦，眼冒红光，犹如魔神降世一般继续走近。
然后，倒地不起。
“胜利了!”
压抑的众人忍不住欢呼起来。
……
好温暖的感觉……真嗣的意识逐渐清晰起来，他感觉自己徜徉在温热的水中，非常舒服，有一种从未有过的放松感和安全感。
缓缓睁开眼，入目是刺目的阳光。
“嘶——这里是……”
真嗣环顾四周，发现自己赤身漂在湖面上。环顾四周，空无一物，充满了未知的朦胧感。不远处的湖边树下有个穿白衣的女人，背影有些熟悉，正坐在躺椅上看书。
他感觉自己心跳加快了几分，整个人忽然飘起来，不由自主朝着那个女人的身影靠近。
“醒了呢，我的小真嗣。”女人回过头，露出充满爱意的微笑，那是一张足以魅惑众生的脸。
“妈妈？”
真嗣心头巨震，竟然是碇唯。而且音容笑貌，与当年无异。尽管十多年未见，真嗣还是对她充满了感激与敬慕。不由着急问道：“这儿是哪？你怎么会在这里？”
碇唯摸了摸他的头，笑道：“真嗣长大了，成为男子汉了呢。好高兴，你还能认出妈妈，我以为你忘了呢。”
“怎么可能。我知道的，你一直在我身边，保护着我。”
碇唯将他拥进怀里，“妈妈对不起你，一直以来，辛苦你了。”
“对了，我是死了吗？不然怎么能见到你。”
“没有，这里是我构建的精神世界。”碇唯看着天边的彩霞，“现在的我……存在方式比较特殊，也许只是生前一抹不甘的意识，让我坚持到现在。”
“父亲一直在想办法见你，甚至复活……”
碇唯打断道：“没有什么意义，他一直追逐的东西，不是我要的。”
她抚着真嗣的脸道：“看到你现在的样子，我就没有遗憾了。”
“可是……”
“我的时间不多了……”碇唯说着，周围的景象突然扭曲起来，就像透过高温的水蒸气看东西一般。
“怎么回事？我该怎么做才能救你出去？”真嗣大急道。
“没办法呢，初号机保持觉醒的话，这里就待不下去了……不过，也到了下决心的时候，以前我一直舍不得你……”
真嗣注意到，从地平线开始，湖光山色逐渐被黑暗吞噬。
“听着，真嗣。”碇唯温柔注视着真嗣的眼睛，“S2能量核心，是一种神秘而怪异的存在。它们竟然连通着另一个宇宙，自己却没办法独立存在，必须依赖于使徒或 EVA 才能观测到活动。但是，自从初号机获得S2机关以来，我就感觉到了……它们是有意识的，是活物，甚至还能互相通信……”
天空逐渐黑暗下来，甚至湖水都开始虚化消失。
“到底怎么回事？你会怎么样？”真嗣心头有无数疑问。
碇唯唇角泛起一抹苦笑，“没办法了呢。妈妈不会消失哦，而是去另一个宇宙探索未知，就是S2机关联通的那个神秘世界，我一直很感兴趣。”
碇唯说着，额头竟然冒出一个光团，飘在两人之间的空气中，“这是《死海文书外典》所述的‘智慧之果’，灵魂之根……记住，不要过于依赖S2核心，因为使用这种力量，不是无限制的，也不是无代价的……”
光团一闪，瞬间没入真嗣的眉心。他晃了晃脑袋，没感觉到什么异样。
“对不起，妈妈不能继续保护你了，以后你只能靠你自己了……”碇唯流着泪，充满了不舍，身体却渐渐透明起来。
“等等，我……”
这时候，碇唯已经化作一个光点，消失在天际。
真嗣感觉一脚踩空，不断在黑暗里下坠，还停不下来……