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一、反对“宏愿学校”风波建立“宏愿学校”的想法，是马来西亚教育部“教育政策研究和策划组”于1995年提出来的。根据该组提呈的《宏愿学校——概念与执行计划书》，设立“宏愿学校”的目标，是让各族儿童在小学时就培养成一同学习和相处的习惯，以便塑造一个团结的马来西亚社会。具体做法是将华小、国小及淡小的三个不同语文源流学校建在同一个地点范围内，实行分别管理，分别教学，但要共同策划和进行课外活动，并共用礼堂、草场、食堂和图书馆等设施。
每一种源流的学校有各自的校长，其中一位校长则被委任负责协调各校的工作。教师亦可共用。最主要的是规定课外活动的媒介语为国语一马来语。
宏愿学校的原型是1985年柔佛州的哥打丁宜开办的“南亚综合学校”，该校已于1997年6月16日正式落实“宏愿学校”计划时改为宏愿学校。该项计划提出后，遭到了以董教总为首的华裔社会的反对。根据《联合早报》2000年7月27日报道，董总主席郭全强就曾指出，有关计划书曾提到：“国语（马来语）作为各源流学校一致的媒介语，是最重要的一环，而且必须逐步全面实行”，所以，若宏愿学校以这个目标为基础，董教总将会全力反对。
针对华裔社会的反对态度，教育部长慕沙莫哈末则强调，虽然董教总已经表明反对宏愿学校计划，但是，有关计划势在必行。他说，若任何学校愿意参与宏愿学校计划，那么教育部将会为他们设立宏愿学校，“我们不会强人所难。”据《星洲日报》报道，他也说，教育部不会以1986年“学生交融团结计划”取代“宏愿学校计划”，因为这是两个不同的概念，不能混为一谈。
2000年12月10日，马华公会中央委员会在芙蓉召开第七次中委会，会议决定，也将不再推动宏愿学校计划，而是支持推行1986年学生交融团结计划，这项计划是鼓励邻近不同源流学校联合主办课外活动，让学生共同参与，以促进交流与团结。至于政府已经批准建立的两间宏愿学校（分别位于雪兰莪的首邦市和柔佛的柔佛再也），马华也承诺将对其予以监督。而这之前已被教育部列为宏愿学校的五家华小，由于董事部决定不接受安排，政府也尊重并接纳董事部决定，不会强迫这些学校改为宏愿学校。
尽管华裔社会反对，马来西亚政府的宏愿学校计划仍在进行。根据《南洋商报》2002年4月18日报道，教育部当年正在兴建8家宏愿学校（原计划是14家），其中2家已建峻，分别为霹雳本律宏愿学校和雪兰莪梳邦再也宏愿学校，并预计于6月正式开课。其他正在建设的6家为吉达州阿曼花园宏愿学校、霹雳巴里文打新镇宏愿学校、霹雳马当宏愿学校、槟城北海斯里打锡宏愿学校、森美兰芙蓉宏愿学校，以及柔佛末加昔斯里可那岸宏愿学校。
2005年，马来西亚华校教师会总会召开第54届教总理事与各属会联席会议，在议决的七项议案中，仍坚持反对政府贯彻“一种语文、一种源流”的宏愿学校计划。
二、反对英文教授数理科风波2002年5月初，吉达州古邦巴素巫统区部代表大会通过提案，建议教育部增加学校的英文课，并将某些英文科目改为英文教学，以提升国民的英文水平。随后．马来语各大报纸大肆渲染有关课题，甚至倡导恢复英文源流学校。首相和教育部长也表示，如果人民需要，政府可以考虑重新设立英文学校。不过，5月8日的内阁会议以不符合国家教育政策否决了恢复英文学校的建议。然而，10日的巫统最高理事会却做出决议，从2003年起，国民小学一年级开始试行英文教授数理（数学和科学）科目。6月15日，首相Mahathir进而宣布，小学和中学的每个年级将同时以英文教导数理科目。7月19日，教育部长正式宣布，从2003年起，全国小学和中学的一年级以及大学先修班的第一年全面以英文教授数学和科学。为配合这项措施，也从2003年开始，政府的各项考试中，数理科将同时以国、英两种文字出题，学生可选用其中一种语文作答，过渡到2008年，政府的各级考试将全部以英文命题。至于华小和淡小是否同时实行这一措施，尚未做出决定。10月22日，国阵最高理事会开会并宣布，各成员党原则上同意各源流小学以英文教授数理科，只是在方式上华小与国小和淡小有所区别，与此同时，国阵华基党受命在一个星期内提出华小推行英文教授数理科的方案。31日，国阵再次召开理事会，通过了所谓的“2-4-3”方案：华小一年级除每周2节英文外，还用英文教导数学4节，科学3节。在这个方案之下，华小仍有6节数学和3节科学可以继续用华文教授，首相表示，这是巫统和马华公会等互相让步达成的方案。
政府做出这项教学改革的理由，是认为数学和科学领域发展迅速，而这当中绝大部分有关的资料，都是以英文来呈现的。这样，为了确保学生能够通过种种渠道汲取这些信息，以掌握数学和科学的知识，进而提升在国际上的竞争力，才决定推行以英文作为数理科教学媒介语的措施，并借此培养具备英文掌握能力的新生代。
2003年新学年开始后，各源流学校便按这一计划实行以英文教授数理科目，具体情况为：国小：保留原有的8节英文课；原有的7节数学（马来文媒介）全部改用英文来教学；2003年新增设的3节科学全部以英文教学；淡小：2003年新增设2节英文课；原有的7节数学（淡米尔文媒介）全部改用英文来教学；2003年新增设的3节科学全部以英文教学；华小：2003年新增设2节英文课；数学由原本的7节增加至10节，其中6节用华文教学，4节用英文教学；2003年新增设6节科学，其中3节用华文教学，3节用英文教学。从2003年开始，国小、淡小一年级每周上课节数从以前的45节增加至46节；而华小则增加至50节。此外，教育部也鼓励各源流小学根据自身的能力，在其他年级以英文进行数理科的教学。
然而，尽管政府以英文教授数理的设想已按原计划在华小中予以推行，但是，董教总却从未对之赞同过。他们认为：（一）英文教授数理的政策基本上是一个政治决定，而不是出于教育的本质方面的考虑；（二）英文教授数理的政策对国家的教育，乃至国家的发展有着深远的影响，政府却仓促做出决定，而一直不提供相关的学术研究报告来证明措施的合理性和可行性。甚至认为，以英文教授数理措施之推行．，是“华文教育史上另一个‘黑暗时代’的序幕”，是“华文教育当前最大的危机！”
当时持反对意见的除了华裔社会的董教总外，亦有来自马来和印裔族群者。马来文教团体的反对理由，主要是认为会矮化马来文作为国语及知识语文的地位，不仅不能提升学生的英文程度，反而会降低学生的数理程度。为了反对政府的这一措施，华裔和马来反对者举行了百万人签名活动。2002年7月2日，马来与华裔文教团体集会，交流意见，一致表示反对英文教授数理的措施。过后，相关团体还共同致电所有内阁部长，要求政府基于国家和民族的利益取消英文教授数理的措施。马来人政党方面，除了巫统外，其他以马来族群为主的政党包括回教党、公正党和人民党也都大力反对这项政策。
总的来看，华裔以董教总为代表的反对者所隐忧的还是担心华文小学变质，受反对党影响的反对态度，则多是出于政治利益方面的考虑。
三、白小保校风波坐落在雪兰莪州白沙罗新村的白沙罗华文小学（白小）是一所已有70余年历史的、设备齐全的学校。在2000年年中教育部关闭该校原址前，除白沙罗新村和17区的学生外，附近一带其他社区如SS2区、白乐镇、白沙罗再也、东南亚花园、丽阳镇、万达镇、敦依斯迈花园以及甲洞区等约1400名学生亦在该校就读，这就为该校造成了难以负荷的压力。之所以出现这样的局面，就是因为这些外来的学生，在原属社区内或没有华文小学，或当地华文小学也已过度拥挤。正是在这种情况下，该校董事部和部分家长建议兴建分校，或搬迁到更大的校园，这一要求得到了政府的支持。白沙罗华小原校关闭后，学生按计划将先到培才二校共校，等待新校建竣，再迁往丽阳镇学校新址（亦名“白沙罗华文小学”）。
然而，白沙罗新村及17区的学生家长，却不同意政府关闭本社区的白小原校，部分不愿迁校的学生则坚持在原校上课。2001年1月2日，政府正式封锁了校门。白沙罗新村的居民一方，鉴于其意愿得不到政府的关注，遂决定成立白沙罗华小保留原校、争取分校委员会，保护自己的社区学校，以致发展为“救救白小”运动，一直坚持到今天。学校被封闭后，学校暂借村内的阮梁圣公庙上课。白沙罗新村的保校运动，得到了全国华人物质和精神上的极大支持，也得到了反对党——民主行动党和董教总的直接帮助，以及其他反对党的声援。现今，白沙罗华小（原校），在志愿教师的努力下，已由“开始的凌乱，至如今的井然有序，一个具自主性、含浓厚社区意识的运动于焉形成。”即由原本的普通（族群）教育，升华为具有先进理念的“社区教育”。至于被封闭的白沙罗华文小学的原校址，则成了展示马来西亚华人发展族群教育之坚忍不拔精神的现场和基地，已接待了无数的参观人士。
在长期的保校运动中，白小保校工委会坚持每月致函教育部长，但却一直未得到回应。2005年9月7日，工委会主席熊玉生在致函教育部长的信中指出，基于白沙罗华小及培才华小的学生人数在这4年内不断上升，新住宅区的开发也导致华小的需求日益增加，因此，该工委会要求坐落在八打灵再也17区的白小原校能够重新被启用，即要求教育部重新开放已经荒废超过4年的白小原校，以作为孩童的学习空间。这封致函终于得到了教育部的回应，这就是9月19日教育部长的机要秘书敦法沙依斯迈发出的回函，其中首次声明教育部已经接到白小保校工委会所提呈的建议书，并将详细研究有关建议，考虑采取适当行动。尽管如此，由于信函中只是说“考虑采取适当行动”，所以，白小的命运总的来讲还是在未定之天。
四、华人义山风波分布广泛的马来西亚华人义山（墓地），是华人先祖们开发建设当地，终老于斯的历史见证，亦是华人敬祖追宗文化精神的体现。然而，不幸的是，由于商业开发等原因，导致义山风波迭起，成了马来西亚华人心中的一大忧虑。20世纪**十年代发生的较大的两起义山风波，一是马六甲的铲平三宝山风波，一是吉隆坡的广东义山搬迁风波。义山风波虽不是由华巫关系直接引起的，但它无疑加重了华人对在马来人占支配地位的社会环境下谋求生存和发展的焦虑心理。马六甲的三宝山是传说中郑和下西洋时的驻扎地，山麓的三宝亭和三宝井亦传为他所建，共由12500多座坟墓构成，并有“中国境外最古老的一座华人义山”之说法。此地作为义山，则由几百年前第二任甲必丹李君常捐山而来。三宝山义山风波引发于1984年2月马来西亚《通报》的报道，至1987年结束，历时3年。说起来，马六甲地方政府铲平三宝山的理由几近荒诞，即将三宝山作为取土来源，实现其所谓填海计划，结果导致当地华人“挽救三宝山运动”的发生。好在这场风波是以马六甲州首长宣布拨款5万美化三宝山，华人义山经此风波而得以最终保存来结束的。
吉隆坡广东义山是巴生河流域历史最悠久的华人墓地。它位于吉隆坡旧飞机场路与新街场路之间，占地240英亩，早在1878年已有人在此设立墓地，作为广东华人义山则始建于1895年共8部分，即由广东、福建、广西、福州、海南、日本、基督教和罗马天主教籍贯和信众的8个义山组成（亦有说锡兰佛教墓场、兴都教（印度教）火化场及锡克教火化场也包括在广东义山范畴之内）。
1925年，英殖民政府正式批准义山为一个合法团体。广东义山的存在意义，已不仅是普通的墓地，由于这里有叶亚来及其夫人郭庚娇、赵煜、叶致英、叶观盛及陈秀连等人的坟墓，以及后来“抗日殉难纪念碑”等的修建，正如民主行动党武吉免登区国会议员方贵伦于2001年8月29日在吉隆坡广东义山赵煜墓园竣工仪式上发表的讲话所说：“由此可见，华社要保存先贤的墓碑，要发掘和再现先贤的事迹，要不断讲述先贤的历史故事，目的就是要争取我们对自己民族历史的诠释权，要为自己民族曾经对这一片土地所做出的卓越奉献捍卫他们应享有的历史地位。”新街场义山还见证了吉隆坡的开埠史以及二次大战期间马来西亚华人所经历的苦难史。
吉隆坡广东义山风波的缘起是1998年冬至日吉隆坡市长下令封山，而封山的目的，是要新街场义山搬迁，原址则留为商业开发。这一地方政府法令，引起了华裔社会的极大震动，并导致他们群起反对。2000年6月29日，诉求工委会发表文告称，义山“有百年历史，见证了吉隆坡的历史发展，是马来西亚首都的重要史迹，也是巴生谷的重要绿肺。其存在价值是毋庸置疑的。当局不但不应该铲平作商业发展，反而有责任推动其美化工作，让它变成吉隆坡市民的休闲胜地。”7月19日，内阁正式宣布新街场义山不再搬迁，这之前曾有马华公会和民主行动党的6位议员在国会中提出了广东义山议题。2001年，专门成立了广东义山历史文物馆，收集先贤文献史料，以保存华人珍贵历史文化遗产，供汇编、记载、展示及出版，表扬先贤的丰功伟绩。2002年10月28日，13个华裔团体再次联名呼吁：“有关当局应该进一步，将总面积439英亩的吉隆坡新街场地区义山群公告为文化遗产保留区( Cultural Heritage Reserve)”，同时“也呼吁义山群各管理单位，加紧义山美化计划，以示保存义山的决心为首都地区居民提供高品质休闲场地，也为我国人文教育保留最好的活教材！”
五、立百病毒风波所谓“立百病毒”，是一种源于猪并严重危害人、猪生命，而以前从未发现过的副粘病毒，1998年下半年开始在马来西亚出现，1999年2月5日，由马来亚大学联合国卫生机构研究中心微生物专家蔡求明博士首度发现，并以病毒取自于森美兰州的“立百新村”而命名。这次由“立百病毒”而引发的传染病，波及森美兰和霹雳等州，到2000年3月，森美兰州小甘蜜的7名病毒患者中，已有6人死亡，武吉布兰律的224名患者中，有81人死亡；霹雳州也有27人住进医院，其中15人死亡，其他地区也有不幸者。3月20日，马来西亚政府动用军、警、劳工队2400余人，成立了杀猪特工队，开始对600余户人家的共31万头猪予以屠宰，同时亦采取了各种预防措施，最终使疾病传播得到了有效控制。灾疫过后，马来西亚政府还加强了对养猪业的管理，开始推行养猪产业的集中发展。这次立百病毒，共造成100多人死亡，亦令华人养猪业及相关行业蒙受了共达15至20亿令吉的重大损失。
由于这次“立百病毒”是发生在马来人社会环境下，且又与穆斯林敏感／反感的猪，养猪业有关系，再加之以爆发初期政府误以为由蚊虫叮咬引起的“日本脑炎”以致贻误了防治时机，而在病毒导致华人巨大的生命和财产损失后，其善后措施却亦有令华人不满之处，所以，致使一场本来纯属于自然灾害的事件，却掺杂上了某种民族、宗教的复杂性。对此，诉求工委会于2000年6月5日发布的文告有较充分的反映。该文告指出：华人“养猪业长期以来都是在官方‘只眼开只眼闭’的夹缝下生存，处境和问题得不到制度化的保障和解决。”在对宰杀的猪的补偿方面，也不应该以“种族和宗教敏感”为由，而作为不够，以致让（华人）私人承担损失，因为，“任何疫灾的失控都会危害公众利益”，何况华人养猪业年度(1998)出口到新加坡能够为国家带来4亿4千万元的外汇。文告还要求“政府必须为疫灾死者和病患家属提供充分的福利计划，协助他们转业、求学、就医和适应打击。死者有许多是一家之主，他们的逝世让多少孤儿寡妇陷入水深火热之中；而幸免于难的病患有许多也丧失了工作能力。给予他们经济、社会、心理上的支援，这不仅是政府的人道任务，更是其道义责任，因为如果当时政府迅速控制疫灾扩散并且不坚持把‘立百病毒’作‘日本脑炎’处理，今天，许多家庭就不会破散失所。”2000年9月12日，雪华堂社经委员会也发布文告，要求政府公布“立百病毒”调查报告，以便“消除人民对养猪和吃猪肉的疑虑。”
这场灾疫令华人社会遭受了生命、财富、乃至心理上的多重打击，极大地增加了他们的无助感，灾后只好靠宗教来获得排遣。
三年前曾经遭受“立百病毒”浩劫，成千上万头猪被迫人道销毁，及多位猪农被病毒侵袭而丧命或瘫痪、残障；如今，马来西亚双溪立百和武吉不兰律的村民经长时间的治疗，已逐渐从悲伤中走出来。
双溪立百佛光青年分团趁着佛诞节来临，十一日特别安排一连串的节目，计有花车游行、皈依三宝典礼和燃放孔明灯，期望在佛陀的加持下，村民能去除灾难，同沾法益，精进修行，离苦得乐；佛光青年更用心地设计了一个庄严的浴佛池，让淳朴的村民有机会亲自体会浴佛之殊胜及意义。这可是开村以来，第一次有花车游行，家家户户都非常重视，提前即已在门前摆放香案，供花果，燃香烛，全家大小双手合十地列队迎接佛陀花车经过，印度同胞则特地换上只有在大庆典时才穿的传统印度服装，欢喜地恭迎佛陀花车经过。
花车从武吉不兰律起程，绕道沿着华裔及印裔民宅缓缓游行，信众不断持诵南无本师释迦牟尼佛圣号，令旁观的村民也感受到佛陀的无量光明；游行两个半小时，才抵达挤满人潮的双溪立百民众会堂终点站。
大会贵宾州行政议员拿督姚再添医生致词时赞叹佛光青年的承担力，策划精彩的佛诞庆典，让村民有机会接触星云大师所倡导的人间佛教，他劝化村民应在生活中修行，时时提起本自具足的爱心，去关怀需要帮助的人。
慧愚法师于皈依典礼中向村民说明皈依佛法僧三宝的意义，并请信众跟他一起大声说：“我是佛”，让信众勇于承担，把自己当做佛，学习及实践佛陀的慈心悲愿。最后，他以说好话、做好事、存好心，勉励大众改变气质，提升信仰层次，种下趣向菩提道的种子。
然而，事情似乎远没有结束，就在2005年结束的前夕，又一起养猪风波的兆头已经显露出来。根据《星洲日报》12月30日的报道，马六甲州亚罗牙也市议会和土地局已向巴也明光、武吉旺和民乐新村约31位猪农发出了通知，限定他们在华人农历新年前拆除其违法经营的养猪场。据说，在这三个养猪区共有80户养猪户，养猪业可说是他们的生活命脉，一些养猪场的经营已超过3代。然而，州政府早在上世纪90年代就拒绝为他们颁发养猪执照。《星洲日报》12月31日发表钟君胜的文章《猪农前路茫茫》，其中评论道：“巴也明光的养猪业在过去20年来，不断受到地方政府法令、环境部法令，甚至是80年代成立的养猪法令所限制，但是猪农们还是在法令的缝隙下继续求生，许多村民更是赖以维生。”然而，“让人记忆犹新的是，甲州政府曾经原则上同意把巴也明光辟为集中养猪区，甚至还通过相关的行政议员及兽医局与猪农举行对话，双造商讨建立集中养猪区的发展概念，连亚罗牙也市议会也把巴也明光在2007年建设为集中养猪区列入常月会议议程。如今市议会和土地局却突然向猪农们发出关闭养猪场的指令，使到甲州的养猪业的隐忧终于浮出台面。”不过，这次养猪风波很快就得到了解决，2006年元旦刚过，有关报章就刊登甲州首长已下令停止拆除猪场的做法，并承诺对有关猪场及猪农的生活做出妥善规划和安排。