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将制造船舰的事交付郑平后，郑成功回到船舰上。
在船上待了几天，这几天水师每天都要派水鬼冒着寒冬潜入水底，刮掉船只航行多日导致底部粘着的浮生物、贝类等，好减轻重量、恢复航速。
这些日子来，郑成功派出的探子将近段时间的消息都汇报过来了。
自从郑芝龙被清朝软禁后，南方本就错综复杂的局面顿时产生了一系列变化。
首先称霸东南沿海的郑氏集团分裂了，当中实力派的施福、黄廷、施郎等在征南将军多罗贝勒博洛的招降下，率十名总兵、十一万三千士卒归附了清朝。
本就反对降清的人在清军反耳，将郑芝龙被诓骗挟往北京的情况，更使他们心怀疑惧，坚定起兵抗清。
可惜失去郑芝龙，加上郑成功此时的威望不足，造成郑氏集团的反清势力群龙无首。在这种情况下，这些将领一时分崩离析，自寻出路。
郑芝龙的老部将林察在福州即将失守时率兵保护隆武帝的弟弟续封唐王朱聿键乘船逃往广州，在广州成立绍武政权。
郑家集团的旁系郑彩郑联两兄弟掌控着厦门的军政大权，拥兵七万，当中水师有四万余人，大小船舰四百多艘。
他们两兄弟看到满清如此对待郑芝龙，不敢投靠满清，又看到隆武去世，于是决定拥立鲁王朱以海，准备效仿郑芝龙的事迹。
郑芝龙的三弟郑鸿達考虑再三带着上万兵马决定暂时依附郑成功，四弟郑芝莞带着几千士兵投靠了郑彩。
面对清军的威胁，在郑鸿达的穿针引线下，郑成功、郑鸿逵、郑彩、郑联等人组成了郑家联盟军。
郑家联盟军组建了，虽然军力加起来怕不下十万，只是郑成功对这个联盟军不抱太高希望。
郑氏集团的直系势力郑成功、郑鸿达在郑芝龙投靠清朝后，实力大损，兵力和地盘都比不上旁系势力的郑彩、郑联。
况且郑成功打的旗号是已被清军俘杀的隆武帝，而郑彩、郑联、杨耿等人在隆武死后，转而改奉鲁监国。
正统之争，让郑家本就不稳的盟约更加脆弱。
郑成功对郑家联盟不报希望，靠人不由靠己。
趁现在清军还不重视自己，要抓紧时间发展，增强自己的实力才行。
郑芝龙掌控福建多年，郑家大公子这个名头现在还有点用，郑成功决定再去劝说一下那些福建沿海那些不肯降清的人。
郑成功让林习山统领船舰，在船只维修好后去金门，他自己带着五百士卒沿海各地招兵买马、收编郑芝龙的旧部，最终募集了两千多散兵，这极大的缓解了郑成功兵力不足的问题。
1646年十二月末，郑成功带着募集的士兵终于回到了金门！
来到荒芜的金门，郑成功为了安顿百姓，可是忙地团团转。
为了能笼络人心，郑成功决定每户给银三两，十户给牛一头。同时组织军队建造房子帮助百姓过冬，安排亲卫帮民族老弱病残的百姓挑水砍柴。
这一系列的举动顿时赢得了迁移百姓的称赞和拥护，渐渐地因为迁移过来，导致的不满声消失了。
安顿好百姓，郑成功开始了起兵反清的准备。
所谓名不正，则言不顺。言不顺，则事不成。
为了取得大义，郑成功假借隆武帝的遗诏，自命为大将军。同时令人拟檄文，派士兵驰报沿海各地不满鞑子统治的原大明文武官员。
檄文写道：“成功谨以隆武遗诏布告天下：鞑子欺天罔地，灭国弑君；残害生灵，狼戾不仁，罪恶充积！今奉天子遗诏，大集义兵，誓欲扫清华夏，剿戮群凶。望兴义师，共泄公愤；匡扶明室，拯救黎明。檄文到日，可速奉行！”
看到郑成功发出的檄文，原隆武大学士路振飞，吏部尚书曾樱、忠振伯洪旭、忠臣伯张进、忠靖伯陈辉等90多人都响应郑成功的檄文，陆续来到了金门。
1646年农历腊月初一，烈屿乡上空锦旗飞扬。
郑成功令人宰牛杀马，设立祭奠。
郑成功领着众人向明太祖朱元璋牌位行礼毕，然后挂孝遥祭了在定州殉国的隆武皇帝和曾皇后。
祭奠完，郑成功巡视了会场的众人后，说道：“各位英雄豪杰，能不畏艰辛前来为国出力，实乃大明之幸。现今鞑子兵多势众，我等如不能团结一心，难免被那鞑子各个击破。有道是蛇无头不行，鸟无头不飞。在此危亡时刻，更应该需要一个盟主，领导我们反清复明。”
林习山立马喝到：“你乃隆武帝赐封的忠孝伯，又是遗诏所任命的大将军。你不当这个盟主，谁有这个资格当这个盟主。”
郑成功忙摇摇头说道：“此言差矣，我今日只一心想反清复明，实无心要谋次位。今日林将军却让我坐这盟主之位，岂不惹天下英雄耻笑。”
来的这些人，除了几个文官，其他的武将那个不是原郑芝龙的手下。忠振伯洪旭当即喝到：“大将军，此国难之时，正需要你出力之时，你何必推辞！”
忠臣伯张进、忠靖伯陈辉几个人顿时呼应道：“正是，正是，你不做，谁敢做。大将军无须推辞！”
金门是郑成功的地盘，大军的粮草也需要他来支援，再加上他有着所谓的“遗诏”大义，其他知道这个盟主的位置只能是他来坐了，于是也跟着劝他。
郑成功假装推辞不过地说道：“承蒙各位错爱，严明只能勉为其难的担此重任。本番乃明朝之臣子，缟素应然；实中兴之将佐，披肝无地。翼诸英杰共伸大义。”
参会的文武官员齐拱手喊道，“将军大义，弃家而顾天下，愿舍身以求匡扶大明。我等不才，愿追随将军，供其驱使。”
就这样，郑成功打着隆武皇帝的旗号，扯起了“反清复明”的大旗，用“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名在金门誓师反清。这次大会让郑成功的名声开始在闽粤、江浙地区传播。同时也引来了两个英雄。
一个是海登东园人，姓甘，名辉，字子谦，父母早丧，家贫如洗。自小习枪棒，为人重义任侠，好打抱不平，因此遭族长迫害，流浪于漳州、石码、海澄等地，不敢久居乡里。听闻郑成功起兵反清，故来投靠。
另一个平和强乡人，姓黄，名梧，字文成。弓马熟娴，武艺精通。本为平和县差役，但他“饶智勇，喜任侠”，听闻郑成功的名声，也起来投靠。看到他们来投靠，郑成功大喜，委任了甘辉和黄悟为卫指挥使。