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驩兜见尧帝年老退位，而舜帝位置不稳，怂恿共工部落再次反叛，不服舜的统领。而驩兜统领三苗在江、淮流域及荆州一带多次作乱，三苗独立出来，不再奉联盟号令。
舜乃整军振旅，平定了共工部落和三苗部落的叛乱。之后把共工部落流放到幽陵，以便改变北狄的风俗；把三苗首领驩兜和一部分三苗百姓流放到崇山，以便改变南蛮的风俗；把大部分三苗迁徙到三危山，以便改变西戎的风俗。危姓由此而来。将治水失败的鲧流放到徐州的羽山以改变东夷的风俗。天下人都悦服了。
注意：这种流放是与部族一起的流放，类似于分封，但分封多在中原腹地，而流放则多封在中原人看来的蛮荒地带。所以当时的蛮荒现在都是内地。所以所谓各夷族戎狄实际仅为地域分别，人种甚至文化上都没有太大差别。地域歧视使得蛮荒向往中原文明，而远离中原也使得其无法掌握中原的最先进技术，所以渐失其文明特性。加上环境艰苦，有性命之忧，其文明持续性也受到考验，一场战争就会使得文明成果付之东流。
当时，中原地带洪水泛滥，无边无际，淹没了庄稼，淹没了山陵，淹没了人民的房屋，人民流离失所，很多人只得背井离乡，水患给人民带来了无边的灾难。在这种情况之下，舜帝决心要消灭水患，于是就开始访求能治理洪水的人。
此时禹已经长大成人，不断地研究父亲的治水资料，大禹感到自己的父亲没有完成治水的大业而空留遗憾，而希望自己能够完成这一大业，因此闻于乡里。禹为人聪敏机智，能吃苦耐劳，他遵守道德，仁爱可亲，言语可信。他的声音就是标准的音律，他的身躯就是标准的尺度，凭着他的声音和躯体就可以校正音律的高低和尺度的长短。他勤勤恳恳，庄重严肃，堪称是百官的典范。
禹妻女娇(出身涂山氏部落即有娲氏部族）。《吕氏春秋·音初》载：“禹行功，见涂山之女，禹未之遇而巡省南土。涂山氏之女乃令其妾待禹于涂山之阳，女乃作歌，歌曰：“侯人兮猗”，实始作为南音。”《大戴礼记·帝系篇》载：“禹娶涂山氏，涂山氏之子曰女蟜氏，产启。”《吴越春秋·越王无余外传》说：“禹因娶涂山，谓之女娇。”。司马贞索隐：“《系本》曰‘涂山氏女名女娲’，是禹娶涂山氏号女娲也。”亦称“女娇”、“女趫”。
“涂山”即“三涂山”，在今洛阳市嵩县西南5公里。这里正是有娲氏居住的地区。因“涂山氏”为有娲氏后裔居住在三涂山的一个支族，故以地名称之为“涂山氏”，之前的西陵氏也是如此。
由此可见，黄帝妻“嫘祖”和禹妻“涂山氏”均为有娲氏之女。这也说明有娲氏与黄帝族世代为婚。
有一天舜帝来征求大臣们的意见，看谁能治水，大臣们都推荐禹，他们说：“禹虽然是鲧的儿子，但是比他的父亲德行能力都强多了，这个人为人谦逊，待人有礼，做事认认真真，生活也非常简朴。”
BC2310年，舜帝招见了禹。同时接见的还有舜帝的大臣皋陶（葛天氏的后裔）。
舜帝说：“禹！你谈谈治水的意见吧！”
禹拜谢说：“大水与天相接，浩浩荡荡包围了大山，淹没了山丘，民众被大水吞没，饥寒将迫。
我计划顺着山路砍削树木作路标，将沿途获取的鸟兽送给民众，作为他们参加治水的酬劳；疏通主要的河流，使大水流进东海；疏通平原上的积水，使平原上的水都流进大河；鼓励民众播种粮食，为民众提供谷物和肉食。”
舜帝很满意，禹受命主持治水的全权事宜。因为治水所要运用的人力物力不亚于一场战争，所以继承父亲的崇伯之位，并被任命为司空要职。司空即黄帝时的冬官，主管工程建设，与后世的三公之一的司空不可同日而语。相当于工部尚书，但由于治水重任而地位崇高而责任重大，一般人都不敢接任这一职位。此时禹才年满18岁。禹欣然接受了这一任务。他知道这是一个重大的职责，不敢懈怠分毫。舜帝同时派伯益（皋陶之子，大约为十六岁左右，主要协助开辟江河）和后稷（名弃，主要负责后勤和农业事宜）两位贤臣和他一道，协助他的工作。后稷在农业方面成绩卓著，传说他是周人的祖先。他能认识不同土壤，并懂得拔去杂草，还知道挑选良种。
当时，大禹刚刚结婚才四天，他的妻子涂山氏是一位贤惠的女人，同意丈夫前去，大禹洒泪和自己的恩爱妻子告别，就踏上了征程。
禹接受了舜帝的命令之后，与益、后稷一起到任，命令诸侯百官发动那些被罚服劳役的罪人分治各地。
禹翻山越岭，淌河过川，他左手拿着准和绳，右手拿着规和矩，还装载着测四时定方向的测量工具对黄河流域的主要山脉、河流作了一番严密的考察。大禹在河北东部、河南东部、山东西部、南部，以及淮河北部考察。一次，他们来到了河南洛阳南郊。这里有座高山，属秦岭山脉的余脉，一直延续到中岳嵩山，峰峦奇特，犹如一座东西走向的天然屏障。高山中段有一个天然的缺口，涓涓的细流就由隙缝轻轻流过。他还发现龙门山口过于狭窄，难以通过汛期洪水；还发现黄河淤积，流水不畅。
就这样，禹从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆。
禹总结了其父亲治水失败的教训，改革治水方法以疏导河川治水为主导，大刀阔斧，改“堵”为“疏”，就是疏通河道，拓宽峡口，让洪水能更快地通过。禹采用了“治水须顺水性，水性就下，导之入海”“高处就凿通，低处就疏导”的治水思想。此时气候进入洪水之后的平稳期，海平面的下降已经非常明显。大禹的疏导是建立在海水消退基础上的有效方法。