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史迪威把总部设在眉庙（梅庙）一座教堂红楼里。他雄心勃勃，打算指挥中国远征军，击溃日军进攻，挽救缅甸和滇缅路。当时缅甸战局已很危急。
英国驻印缅军总司令韦维尔，在给丘吉尔信中说：“倘若日本坚决进攻，我认为，我们不能指望久留缅甸。许多部队仍旧缺乏装备，打缅甸的经验还使他们动摇。余下的几个缅甸步枪营能起多少作用，很可怀疑。炮兵不多了。目前，再要切实增援是办不到的。
中国方面的合作并不容易。他们怀疑我们的战斗力，有退缩倾向。他们对抗日军的丛林战，能否比我们现在打得更成功，尚难肯定。”
在眉庙，史迪威见到印缅战区总司令亚历山大。他告诉亚历山大，他打算用中国远征军第5军和英军一道，发动强大反攻，夺回仰光。
亚历山大笑吟吟地表示赞赏。夺回仰光，谈何容易。
史迪威反攻计划很难实施。一是日军进攻的压力，二是中国将领的抵制。史迪威发出的进命令，经过中国远征军副总司令杜聿明和部将们讨论后，常常通不过。聪明的史迪威很快发现，缅甸的仗，实际上是蒋介石直接指挥杜聿明打的，他这个前线总指挥不过挂名而已。
同古失守后，史迪威气冲冲地从缅甸飞回重庆，对蒋介石大发其火说：“钧座委我缅战指挥之责，而不予指挥之权，无权何以为将？无权何以尽责？”
蒋介石威严地说：“将军之言差矣，我为战区统帅，无不可过问之事。你是我的参谋长，不是太上参谋长！”
史迪威干脆撂挑子，说：“既然总司令事必躬亲，依我看，参谋长一职可以勾销。”
你一言我一语，两人互不相让争了一阵，还是蒋介石转而和颜悦色：“将军求战心切，肯于负责，我已深知。不过，我过问前线战事，实亦一片好心。我平素指挥作战，惯于用电话与前线将领联系，必要时不分昼夜。如此可依将领习惯及能力，纠正其错误。中国抗战能支持至今，此实为一重要原因。”
“原来是这样！”史迪威摇摇头淡然一笑，心想：总司令，你说的全错了。中国抗战之所以一败再败，原因正是你专断独裁，插手过多。现在缅甸战场的日军，全是从中国战场调过来的。第18师团攻打过上海，第33师团占领过南京，第55师团攻陷过华东，第56师团从华南调到新加坡，又从新加坡调到缅甸来的。要是中国战场打得好一点，何须缅甸作战？
蒋介石似乎感觉到难以说服史迪威，便叹了口气说：“要是我能写英文，那就好啦！这样，我可以直接与将军函商军情，再不用假手他人。以往你我间疏于直接联系，实因文字之障碍。”
其实史迪威精通汉语，中国话比蒋介石讲得还好。
史迪威对蒋介石故意给他兜圈子极为不满，直截了当地说：“既然你我之间诸多不便，钧座还是另派一位方便的人去缅甸为好。我在重庆还有许多重要的事情可办，比如管理美援，训练部队等等。”
蒋介石担心美援掌握在史迪威手里，喃喃地说：“这，怎么可以？将军，这，太不合适。”
这时宋美龄走进来了。她笑容可掬地说：“史将军，你瞧外面阳光多好，我们到花园散步去，别在这儿磨牙斗气，走吧。”史迪威无法拒绝她。
散步在花园里，总司令和参谋长和解了。
史迪威设身处地地说：“我总是个英国老毛子吧，不能奢望全权指挥如此庞大的中**队，不过，我倒希望单独拨出一支小部队，一个军，一个师都行，由我指挥，按我的计划办。”
蒋介石说：“不，你还是做你名副其实的总指挥官。”
史迪威说：“即使总司令把远征军都交给我，我也指挥不动啊！像杜聿明这样有才华，有个性的将领，不是我能驾驭得了的。”
蒋介石说：“我把罗卓英派去，他会同你很好合作的。”
宋美龄将一束玫瑰花递到史迪威手里，笑吟吟地说：“史将军，还有什么困难吗？我可以作你的后盾。我在战线的另一端支持你。”
史迪威满脸笑容地说：“夫人，我愿意效劳。”
4月7日，蒋介石夫妇亲自把史迪威送回缅甸。新任远征军司令官罗卓英随同前往。
在腊戍，蒋介石主持军事会议，当着全体高级将领的面，郑重确认史迪威的指挥权。
他宣布道：“第一，余委托史迪威将军全权指挥入缅华军；第二，罗卓英服从史迪威，杜聿明服从罗卓英；第三，史将军有权奖惩军官；第四，与英军联系由史将军洽商。”
这次史迪威满意了。
4月上半月，缅甸战局顺利。仁安羌一仗给战局注入生机，缅甸战局转好。
4月下半月，形势逆转。史迪威独立设计的平满纳会战计划陷于危机。此时英军已经准备撤退，史迪威还蒙在鼓里高喊进攻。
4月20日，日军第55师团和第18师团一起攻占了平满纳。中国远征军向北撤退。史迪威认为缅甸作战已成败局。他打算利用密支那机场，把中国远征军空运到印度，在那里彻底改组和严格训练后，从印度打回缅甸。史迪威接到马歇尔的通知，空运部队25架c47大型运输机已在印度待命。
但是出人意料，日军先是飞兵腊戍，切断远征军后路。接着兵分两路夹击中央，瓦解曼德勒会战计划。日军又轻取密支那，使史迪威空运计划破产。最后，日军将中国远征军一步步逼进野人山。
4月30日，英军按照既定计划在曼德勒签署了总撤退命令，亚历山大完成了奉丘吉尔之命，利用中国远征军掩护英军撤退的任务。
分手前去见史迪威，亚历山大笑眯眯地说：“史迪威阁下，在缅甸我们合作得很好。我期待着再次合作。”
史迪威瞪了他一眼，说：“这样的合作，难道一次还少吗？”
次日，亚历山大带领大批英军，从预先准备好的公路撤向印度。
史迪威也只好带着百余名随从，沿着山间小道向印度败走。中国远征军数万精兵陷入缅北丛林，音讯全无生死不明。蒋介石万分焦虑，每天让军委会滇缅参谋团用无线电联系数次未果。
直到6月，才接到美军驻华代表团团长马格鲁德转来史迪威的电报，大意是：史迪威一行百余人，正在徒步向印度前进。中国远征军也撤向印度。现在部队化整为零，由小单位统率，毋须以命令指挥。
蒋介石看完电报怒火烧心：“史迪威身为参谋长，打了败仗只身逃跑，该当何罪？通天大事，你竟不向我请示，却向马格鲁德报告，眼里还有我吗？”
想到这里，蒋介石提笔写道：“史迪威脱离中**队，擅赴印度，只来此电文作为通报，不知军纪何在？”
缅甸作战失败，使蒋介石与史迪威之间本来就不融洽的关系陷入危机。蒋总司令说缅甸之战全败于史迪威不听号令，史迪威则说缅甸之战打不赢全因蒋介石乱加干涉。
另有三件事更使两人矛盾加剧。第一，蒋介石朝思暮想要美国提供500架飞机，几次要求史迪威向美国国会提出申请，史迪威断然拒绝。第二，美国根据租借法协定援华十余架大型运输机，宋美龄想从中调两架归航空委员会管辖，也遭到史迪威拒绝。第三，美国将支援中国战场的第10航空队b29远程轰炸机调往北非，史迪威预先知道此事，既不报告又不阻止。
几件事加在一起，使蒋介石对史迪威十分怒恨。他给宋子文写信说：“史迪威是你从罗斯福那里请来的，还由你给罗斯福退回去。我不要这个参谋长。”甚至扬言，日本人曾对他有很好的建议，如果美国舍不得飞机，他将另想办法。
从6月底至7月中旬，蒋介石拒绝史迪威的多次求见，对史迪威的报告也置之不理。
蒋介石与史迪威关系僵化了。