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听了千里的话，佑树也想回一趟未白镇的家，就在他离开之前，满充的父亲就先一步来到了道馆里，在征得千里的同意后，他就将佑树带到了自己的家。在那里，他拿出了一个蓝色的技能学习机给了佑树并笑着说：“佑树，真报歉这样把你拉了过来。但是我家小满自从到了绿荫镇身体真的好了很多。我们欠你的情，是你在他离开镇子前帮他抓了第一只宝可梦。那时候小满一定很高兴吧！不只他，我对此也很高兴！高兴他能交上你这样的朋友，这个是我给你的谢礼，还请你一定要收下这个，拜托了！”
佑树接下了学习机，佑树也是笑着说：“叔叔你言重了。不过，小满应该也踏上旅途了吧！他收集到多少徽章，以他的本事和天赋，他应该拿到两三个徽章了吧！”
满充的父亲闻言也是微微一笑说道：“是啊，三个徽章了，他前两天才给我打过电话。所以，他可是你最大的竞争对手！”
“哈哈哈，我早就和他约定好，要在宝可梦联盟那里进行一场对战，听到他这样的成就我也能更高兴的与他进行战斗！”
佑树开朗的大声欢笑，对战几乎是他最大的乐趣尤其是和自己实力强大的好朋友进行对战，但是他还是说道：“那个，您记得告诉小满千万不要沉迷于力量而迷失了自己！”
佑树又和满充的父亲说了些别的，便回家看望母亲，在家住了一夜就又踏上了自己的旅程，他看了眼地图，下一个道馆在茵郁市，而去茵郁市最近的一条路便是通过紫堇市走水路。佑树很快就回到了紫堇市，他看到了铁旋，铁旋正在对负一群穿着怪异的人，他们强夺别人的宝可梦，因此惊动了铁旋！铁旋拜托佑树：“佑树啊！你来得正好！我被这些人给缠住了，他们还入侵了新紫堇发电厂，麻烦你去新紫堇看看！”
说着铁旋把钥匙给了佑树，佑树很快渡过105公路水域打开了新紫堇的门，而新紫堇内充满了奇装异服的敌人，他们自称闪焰队，在卡洛斯地方各处的街上都可以看到身着红色西装的集团。似乎抱持着无论其他的训练家或宝可梦发生什么事，只要自己快乐就好的自私想法。他们的技术已经渗透至卡洛斯地方的生活之中，并因此赚取了大量金钱，但是他们的技术并非仅仅只是为了方便生活，似乎还有其他目的。
闪焰队有着庞大的体系。通过在卡洛斯各地的眼线，他们能够获得当地的准确情报。在弗拉达利的领导下，闪焰队的影响力已经渗透到了卡洛斯地区的上层社会。而通过某位大人物以及密阿雷出版社主编等人的暗中活动，闪焰队的计划并未被世人所知。前几年目标暴露，有人突然反正，闪焰队自此消失，而不知怎么，他们竟然出现在了丰缘这片土地之上！
佑树倒也不怕他们，反而与他们进行对战，就这样，佑树一路打到新紫堇的最深处，在这里的人是干部阿可碧，阿可碧是闪焰队的核心成员之一，是一位长着橘色头发的科学家。她帮助闪焰队创造美丽的世界。他们偷了这里的电，目的则是为了启动一个最终兵器！而这兵器也不知道这是干什么用的！
“我的名字叫阿可碧。正如你所见，我是在闪焰队中进行研究的科学家。虽然很对不起你，但我也有上级的命令呢！”
说是这么说，但其实力照佑树可差上太多了，没多少，佑树就打败了她！阿可碧虽不想承认，但她确实是输了，她虽然看佑树有些眼熟但就是想不起来在什么地方见过，她只能和自己的那些部下灰溜溜的逃走了。佑树回到紫堇市，铁旋也已经打倒了所有人，见紫堇市恢复了供电就知道佑树那边得手了。没一会儿，看到佑树回来了便从怀里拿出一颗小石头给他说道：“哈哈哈，佑树你果然很厉害！这是电龙进化石，可以用于让电龙进行超进化，你很快就能用上了！”
超级进化是一种只发生在对战过程中的暂时性进化。一部分原本被认为无法再进化的宝可梦突破原本的限制，获得更进一步的进化。超级进化后的宝可梦，能够在短时间内解放隐藏的力量，发挥出通常进化所无法匹敌的力量。宝可梦通常能在超级进化中提升能力值，从而使它们拥有更强大的力量。
超级进化只会发生于宝可梦训练家和宝可梦间有强大羁绊时。宝可梦训练家需持有超级环、而宝可梦需拥有超级石。一般情况下，宝可梦不会发生进化。而佑树和自己的一众宝可梦们同行了这么长时间，羁绊早已达到超进化的条件，但看佑树没有手环和超进化石。佑树收下电龙进化石感谢铁旋说：“多谢铁旋先生送我这么贵重的东西！有什么需要您支会一声，我一定竭尽全力！”
铁旋哈哈大笑地说：“哈哈哈，这个时代是属于你这样的年轻人的！老头子我也该退休了！哦，对了，在水静市百货大楼有卖超进化石，有需要就去看看吧！人不服老不行啊！才打了几场就累了，行了，不打扰你了，老头子回去休息了！”
一边说着，铁旋一边大笑着回道馆了。佑树目送老人离开，看着一脸好奇的利欧路，佑树俯下树摸了摸它的头：“利欧路不用急，超进化还有些危险，暂时我不会使用。话说回来，超进化的样子才是你们真正的样子吧！”
超进化是超越了目前为止宝可梦可进化的界限，属于更上一层的进化。进行了超级进化的宝可梦会暂时释放隐藏的力量，发挥无法透过一般进化拥有的能力。这种进化目前仅出现在特定的宝可梦身上。超级进化是一种暂时性的状态，不能永久保持。只有对应的宝可梦携带对应的超级石进入对战才能进行超级进化。与超级石不相对应的宝可梦，即使利用变身为对应宝可梦也不能进行超级进化。