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当醉墨风率领着600余艘星舰抵达崇明星时，崇明星的两支巡逻舰队已经失去了主动进攻的筹码，只得退守崇明星周边空域，他们本期望借助崇明星的陆基力量，再次拒敌于门外，但这次，他们料想错了.醉墨风只使了一点小手段，便使巡逻舰队与陆基力量首尾不能相顾，只能各自为战了。
醉墨风使的这个小招数便是以主舰队牢制住崇明星的两支巡逻舰队，但并不与之决战，只是牢制他们。然后又派出一支秘密的登陆舰队进入了崇明星，他们选了一处崇明空防力量十分薄弱的地方登陆，而这支率先登陆的陆战军团，便是机甲军团，总计约有300架机甲。
随后，这300架机甲，以小组作战的形式，对崇明星的陆基力量展开了全面突袭，在崇明星毫无防备的情况下，崇明星的陆基防空力量损失惨重，并退缩到几座大的城市周边。机甲军团一得手，醉墨风便命令他率领的舰队对两支巡逻舰队展开猛烈的攻势。这一幕便是开篇那一幕了。
崇明星的两支巡逻舰队很快便被全歼，渡宇率领的复合星舰本来也与其中的一支舰队在一起，但随着战局的发展，舰队败局已定，渡宇凭着复合星舰的隐形能力，躲过了被歼灭的命运，眼着崇明星被全面侵入，却是无能为力了。
为了救出自己的尽可能多的救出一些人，复合星舰分解了20艘隐形飞船，离20名船员驾驶前往崇明星各处施救。辰轩驾驶飞船前往星际学院去接荒城老师，而渡宇得知崇古古陆被变异丧尸入侵后，便义无反顾地前往崇古古陆，可以说，他如今至亲的两个人都在那里，他的亲生母亲还和慕晓。
然而当他赶到崇古古陆里，那里已是一片火海，由于崇古神庙对入侵者威胁最大，醉墨风的幽灵军团在突破崇古神庙那些修行者发出的念力结界后，便率先侵入了崇古神庙，至此，神庙被毁于一旦，那里的修行者也无一幸免，其中也包括渡宇的生身母。
丧母之痛虽然难以承受，但他还是强忍着，因为他知道，慕晓还在等着他去救。他的飞船只在火海中的崇古神庙上空停留一小会儿，便离开了，径直往慕晓一家人居住的山崖而去。当他来到山崖上空时，发现不远处的湖泊已被丛林大火燃烧的粉尘染黑，丛林已尽皆焚尽，见到如此景像，渡宇大感不妙。
当他来到山崖边上，慕晓一家人居住的小屋时，却发现小屋已被毁，周边是一些变异丧尸在来回奔跑。而在山崖上，一前一后躺着两具面目全非的尸体，是一男一女，渡宇惊奇地发现，那正是慕晓的父母亲，顿时一颗心已悬在了嗓子眼，当他再往山崖的尽头处看时，发现一个穿白裙的少女正在艰难地向前爬行，少女的身后还跟着两只变悍匪丧尸，正张牙舞爪地朝少女而去，那距离也不足五米了。
渡宇定睛一看时，发现那少女不是别人，正是慕晓，渡宇顿时有一种心在滴血的感觉，心中一阵剧痛，但他还是迅速收敛起情绪，架驶着飞船朝山崖尽头处飞去，又操纵起激光炮，将两只跟踪少女而来的变异丧尸打飞了。这才放下扶梯，走到山崖处，来到少女身旁。他深情地望着慕晓，露出一个欣慰的笑容。慕晓由于疲累交加，随即晕了过去。渡宇轻轻地抱起她，快速登上了飞船。飞船很快消失于崇明星上空。
渡宇本想着将养父母一并救出，却发现养母亲所在的海洋新城早已是陷入了一片火海中，渡宇只得悲痛失落地离去。随后20艘隐形飞船搭载着各自在危难中救出的人，在约定的地点会合了。20艘飞船再次融合成一舰星舰。望着满目疮痍的崇明星，他们已无力回天，只得含泪离开了崇明星星区。
但星海茫茫，他们也不知该去往哪里，如今整个星域已是利忍先锋的天下，一旦星舰能量耗尽，现出形来，那么他们就会被利忍先锋的势力发现，这便要遭来杀身之祸了。渡宇的想法是尽快逃往三不管星区，至少那里还有崔极他们在那里，还有前不久才得知的，他的亲生父亲-游天明在那里。去到那里，至少可以暂时躲开利忍先锋势力的追杀。还能得到一些补给。
此时，满身伤痕的慕晓由星舰上的医官诊治过后，已安然睡过，渡宇望着眼前的可人儿，又是心痛，又是自责，自责自己为什么没早一点去救她，才会让她受了这么多苦，才会让她的父母因为救她而被丧尸啃食。渡宇在心中暗下决心，一定要用自己的一生却守护这个女子，不会再让她受到像今天这样的伤害。
渡宇经过深思熟虑后，还是觉得去三不管星区是如今最好的先择了，可正当他要宣布前往三不管星区的交智星时，辰轩却提醒他到：“渡宇哥，我们不是与红凌姐约定好的吗？互通消息，再次相聚。之前情势紧急，我们都没来得及将崇明星的情况告知她呢，现在也不知道她那里情况怎么样。”
“是了，是了，那赶紧跟红凌姐联系一下吧，看她那边什么情况！”经辰轩这一提醒，渡宇番然醒悟过来，而后说到。
辰轩随即采用量子通讯仪试图与红凌取得联系，但消息却如石沉大海般没了回应，辰轩顿时也没了主意，她心想，如若红凌还在复合星舰上，那她是没有理由收不到信息的，除非，她已离开了复合星舰，或是星舰已经由于某种变故被毁了，她越想越觉得害怕。随即将自己的担忧告诉了渡宇。
其实之前红凌的母星神元星来消息让红凌回去，他就有些怀疑了，因为神元星一向安稳，很少关心现实世界的事情，而上次却是急着催红凌回去，催她回去，却也不说明原因，这其中定有不可告人的情况。渡宇据此推断，红凌肯定发生了什么不可测的事情。
想着昔日一起战斗的情景，还有红凌为他们所做的付出，渡宇内心深处也是很珍惜这位朋友，也算得上亲人了。如今红凌有事，他更不可袖手旁观。于是他与辰轩商议决定一起去神元星走一遭。
随后，复合星舰便全速向着神元星而去。然而当他们到达神元星时，眼前的景像却让渡宇他们惊得目瞪口呆，因为此时神元星已经整个被摧毁了，破碎成了许多大大小小的晶体，悬浮在黑暗的虚空中，在神元星恒星光芒照耀下，闪着光辉。这个曾经由晶体构成的星球，创造了一个无限虑拟时空，生活着几亿神元星人，如今却也逃脱不了毁灭的命运。见此情景，渡宇感慨万千，叹息悲痛之心，无以言表。此时，神元星周边除了那些破碎的晶体，已空无一物。
面对此种情形，渡宇据此推断，红凌肯定已经牺牲了，只是这神元星为什么会被摧毁，究竟是被谁人所摧毁，却是不得而知了。要知道这神元星人一向与世无争，跟任何势力也都没什么仇怨，唯一可能得罪于人的，也只有红凌率领的幽灵舰队帮助渡宇他们打过几场战而已。不过不管怎样，利忍先锋的嫌疑都是最大的，他们很有可能得知红凌帮助渡宇后，这才采取了打击报复措施。
为了留做记念，渡宇决定收集一块大一点的神元星晶体收藏起来，以作为对红凌的怀念。随后，渡宇命人在碎块中选了一块大小适中的晶体捞了起来，并存入了星舰的备用舱中。
然而当他们把晶体放入星舰备舱后，却发生了一系列诡异的像现。晶体中不时会发射出一股股如闪电般的光芒，光芒射中舰壁则击出一道燃烧的痕迹，就像被闪电劈过一般。而那光芒射中星舰上的电子仪器，则被电子设备吸收。更为诡异的是，当那光芒被电子设备吸收后，星舰的电子系统会出现短暂的失灵，而后又发出有节律的类似语言的声音。
这些情况让渡宇和辰轩百思不得其解，为了避免晶体继续地发射中光芒，对星舰造成损害，渡宇与辰轩商认后决定用强磁场来封住晶体。当他们将晶体置于强磁场中时，果然再没有光芒从晶体中射出来。然而在那磁场范围内，却有数股光流在其间上下游动，遇到有人来，那光流还会做出十分复杂的舞动，就像是有智能的生命一般。
见此情景，渡宇突然想起红凌曾跟他们说起过的神元星人在虚拟时空中是如何生存的原理。神元星人自从进入虚拟时空后，便成了一组组意识体，在神元星时，意识体又是以光流体的形式存在的，他们在神元星晶体内恣意遨游，当神元星还是完整时，他们的空间是无限大的。但之前也发生过崇明帝国因开采晶体矿，破坏了神元星的晶体结构的事情，其后又发生了意识体逃逸出晶体，消散于现实时空的例子。
想到这些，渡宇似乎明白了什么，为了证明自己的推断是对的，渡宇决定在星舰上做一些实验，以验证自己的想法。